在微生物应用领域，以枯草芽孢杆菌，苏云金芽胞杆菌为代表的微生物农药在农业种植中得到广泛应用，不产生抗性，不伤害天敌，对人、畜、农作物以及环境友好安全，并能减少化学农药对生态环境的污染，减少农副产品中农药残留量。因此微生物农药也将成为农药发展的重要方向。

  枯草芽孢杆菌，作为一种微生物广谱杀菌剂，其优良菌株能在土壤和植物根叶表面稳定生存繁殖，分泌抗生素和能够刺激植物生长的激素，并促使寄生植物产生抗病性，对抗病原病害。国内外报告对西红柿立枯病、小麦赤霉病、西瓜枯萎病、烟草青枯病、棉花枯萎病、水稻纹枯病等都有良好的防治效果，并促进增产增收。

  苏云金芽胞杆菌在代谢过程中能分泌内毒素和外毒素，使害虫停止取食， 害虫因饥饿、血液败坏和神经中毒而死。作为一种低毒杀虫剂，被广泛用于作物害虫防治。主要对鳞翅目害虫幼虫有较好的防治效果，如菜青虫、稻苞虫，尺蠖、松毛虫、烟青虫、玉米螟、棉铃虫、稻纵卷叶螟、蓑蛾、地老虎等

  在一些复合型微生物肥料中，也常添加这些生物菌剂，在实际使用中表现出增肥、促长、抗病、防虫等综合性效果，被广泛接受和应用。

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